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ボン教の神秘家たちが目指すもの、そして彼らの祈祷や瞑想修行の対象となるのは、根源的な本質――すなわち「ボン教の本質」――との合一である。この本質は、完全に純粋で、煩悩に曇らされることなく、空（くう）でありながら輝きを放つものとして描かれている。それは「事物」ではないが、それでもなお「事物」であるかのように輝いている。また、それは認識されるか否かによって影響を受けることもない。そこには善と悪（この高次の段階においては、もはや両者とも無意味なものとなっている）が含まれている。さらには輪廻と救済という対立する概念さえも、その内に完全に包摂されている。

したがって、この神秘的なボン教の信仰は、金剛乗（ヴァジュラヤーナ）における道徳的かつ形而上学的な相対性と極めて密接な関係にあり、さらに詳しく検討すれば、おそらくパドマサンバヴァ派（ニンマ派）との特に強い結びつきが明らかになるであろう。ここで特徴的と思われるのは、「光」が持つ重要性である。瞑想によって到達すべき「絶対的なもの」は、実質的に「光」そのものに等しいからである。

『教義水晶体系』は次のように説いている。

「神秘的な脈管の八枚の花弁の上に位置する、心（チッタ）という名の至宝の宮殿の中央には五つの神秘的な精髄が存在します。その中心には、五つの智慧の色を帯びた球体状の塊があります。この中心にあるのが『ボン』の本質、すなわち光の集まりです。その本質は空（くう）であるため持続という制約を受けず、また智慧によって輝いているため破壊されることもありません……。凝らした眼でその本質を見つめ、観想する者と観想される対象が一つとなること――それが瞑想なのです」

ボン教では、瞑想の段階を三つに区別している。第一の段階（最も低い段階）では、心の乱れを徐々に克服し、集中を維持することも、あるいはそれを手放すことも可能となる。第二の段階では、自力による救済という想念が魂の中に生じる。そして第三の段階では、瞑想者の魂が空間と一体となる。

「その時、あらゆる精神的汚染（煩悩）は智慧へと転じ、目に見える世界全体が、完全に清浄なボンの領域に包摂されていると認識される」